Necmeddîn Kübrâ Hazretleri Harezm’de irşâd faaliyetlerini sürdürürken, Moğollar Harezm’i istila eder ve katliamlara girişir. Bunun üzerine Necmeddîn Kübrâ Hazretleri, altı yüz kadar mürîdini toplar, ölüm tehlikesinden dolayı şehri terk edip, kendi ülkelerine giderek Allah yolunda hizmete devam etmelerini emreder. Kendisi ise, ilerlemiş yaşına rağmen ülkesini savunmak üzere düşmanla savaşmaya karar verir. Harezm’in merkezi olan Gürgenç (Köhne Ürgenç)’in istilası sırasında, orada kalan bir grup mürîdiyle birlikte düşmana karşı savaşırken şehit düşer. Böylece, nefis ve şeytana karşı ömrü boyunca gerçekleştirdiği “manevî cihâd”ın yanında, “sûrî cihâd” denilen, dış düşmana karşı vatan savunmasını da icra ederek, şehitlik payesiyle Rabbinin huzuruna çıkma saadetine ulaşır. Menkıbeye göre, şehit olacağı esnada bir kâfirin perçemini sıkıca tutmuş ve o hâlde şehit düşmüş; ancak öldükten sonra da asla bırakmamış, ayırmak için perçemi kesmek zorunda kalmışlardır.